Na terenie RDLP w Zielone Górze znajdują się 33 rezerwaty przyrody o łącznej powierzchni  1777,21 ha (wg stanu na 1.01.2024 r.), w tym:

18 rezerwatów leśnych,
9 rezerwatów torfowiskowych,
3 rezerwaty wodne,
1 rezerwaty florystyczny
2 rezerwaty faunistyczne

Najważniejsze rezerwaty pod względem fitosocjologicznym i florystycznym, to położone w południowo-zachodniej części Dyrekcji, rezerwaty: „Wrzosiec", „Żurawie Bagno" i „Przygiełkowe Moczary". Chronią one występujące na skraju zasięgu w Europie stanowiska roślin o atlantyckim typie zasięgu jak wrzosiec bagienny czy przygiełka brunatna, znajdujące się w Polskiej czerwonej księdze roślin (Kaźmierczakowa, Zarzycki 2001).

Ważnym rezerwatem faunistycznym jest „Dębowiec", chroniący populację naszego największego krajowego chrząszcza - jelonka rogacza, a miejscem występowania cennej populacji popielicy – rzadkiego gryzonia nadrzewnego, jest rezerwat „Buczyna Szprotawska".

„Rezerwaty chronią rzadkie gatunki  jak: wrzosiec bagienny, przygiełka brunatna, storczyki czy populację popielicy i jelonka rogacza”.

Najważniejsze rezerwaty chroniące cenne ekosystemy torfowisk to: „Młodno" z licznymi populacjami storczyków, „Pawski Ług" z bardzo ciekawym jeziorkiem dystroficznym oraz duży rezerwat „Dolina Ilanki", chroniący dolinę niewielkiej rzeki z kompleksem różnorodnych zbiorowisk roślinnych, w tym z liczną populacją rzadkiego storczyka lipiennika Loesela.

Spośród rezerwatów leśnych, jeden z najważniejszych obiektów to „Buczyna Szprotawska" gdzie ochronie podlegają prawie 200-letnie lasy bukowe w typie kwaśnych i żyznych buczyn niżowych oraz najdalej na północ występujące zbiorowiska żyznej buczyny sudeckiej.

Równie cennymi obiektami, chroniącymi stare buczyny w okolicach Łagowa są rezerwaty: „Buczyna Łagowska" oraz „Nad Jeziorem Trześniowskim". Bardzo dobrze zachowane grądy chronione są w rezerwatach „Uroczysko Grodziszcze" i „Dąbrowa Brzeźnicka", natomiast na południe od Zielonej Góry w rezerwacie „Zimna Woda" chronione są, z przerwami od 1939 roku, bardzo dobrze zachowane zbiorowiska łęgów olszowo-jesionowych.

Na uwagę zasługuje rezerwat „Mierkowskie Suche Bory", który chroni szerokie spektrum eko­systemów od ubogich muraw napiaskowych i suchych borów porastających kompleks wydm śródlądowych, po bory świeże i wilgotne. Jest to pierwszy rezerwat na terenie województwa lubuskiego chroniący siedliska borowe o wysokich walorach przyrodniczych. Na terenie rezerwatu stwierdzono aż 60 gatunków porostów.